O clima de Rio Bonito é tropical úmido. A amplitude térmica anual é; relativamente alta, com médias de 20º graus no verão, quando são comuns as máximas absolutas de 38º graus. No inverno, as mínimas podem chegar, às vezes, a 8º graus. A área está sujeita a bruscas quedas de temperatura durante todo o ano, por ação de massas polares. A média de precipitação pluviométrica oscila entre 1.500mm e 2.000mm anuais.